(Julio - Diciembre 2004)
Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Randy Green (01-02); Staz Johnson (03-04); Michael Ryan (05-06)

En la asamblea de asignación de escuadras, Dani Moonstar reúne a su equipo que será llamado New Mutants y les asigna nombres clave: Prodigy (David), Wallflower (Laurie), Wind Dancer (Sofia), Elixir (Josh) y Surge (Noriko). Además, Emma y Cyclops presentan a sus equipos: Corsairs y Hellions. Dani pide ayuda a Emma para que usando a Cerebra encuentre a Kevin Ford. Logrando así que regrese al Instituto, uniéndose al equipo de Dani como Wither. Como primera prueba a los equipos, los envían por el campus para encontrar un objeto. Gana el equipo de Emma. El agente Pierce del FBI se presenta en el Instituto para arrestar a Kevin por el asesinato de su padre.  Noriko escucha una conversación entre Pierce y Dani, y junto al resto de los New Mutants intentan hacer escapar a Kevin del Instituto, pero no lo logran. Los rumores sobre Kevin abundan y para calmar la situación, Dani decide entregarlo, ante lo cual los Hellions se preparan para ir a rescatarlo, sin la ayuda de Icarus, Sofia se les une. Jay se reúne con los New Mutants para ir a detener a los Hellions, antes que cometan el error de enfrentarse al FBI. En el juicio de Kevin, es absuelto por considerar que la muerte de su padre fue accidental y que estará mejor en el Instituto. Kevin, desilusionado de sus compañeros New Mutants, pide cambiarse a los Hellions, y el lugar que deja es ocupado por Jay. Josh está enojado con Ranhe porque ella los delató, ella le responde que él es un estudiante y ella una profesora. Finalmente ambos se besan.

New X-Men: Academy X 07-09 "Haunted"

(Enero - Marzo 2005)
Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Michael Ryan (07-08); Carlo Pagulayan (09)

Mientras Kim, la hermana menor de David, visita el Instituto, los New Mutants son acosados por el fantasma de un niño. Este niño se llamaba Jeffrey Garrett y murió durante el ataque de Magneto tiempo atrás. Kim piensa que su poder mutante es hablar con los fantasmas, pero luego descubre que es una humana normal. Los New Mutants logran contactar al fantasma de Jeffrey y evitar que siga haciendo bromas pesadas. Shan lo toma bajo su custodia para que siga asistiendo a clases.

New X-Men: Academy X 10-11 "Too Much Information"

(Abril - Mayo 2005)
Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Paco Medina

David quiere remover el bloqueo mental que le impide retener los conocimientos que absorbe y pide ayuda a Emma. De esta manera comienza a acumular conocimientos hasta que decide dejar el Instituto. Junto a Josh encontró la cura para muchas enfermedades, pero a costa de la vida de su amigo. 18 años en el futuro, David es el presidente de los EE.UU. y decide destruir China. Mata a Dani y a los X-Men que intentaban detenerlo. Los New Mutants se reunen con los Hellions para detenerlo y cuando la Casa Blanca es destruida, David se da cuenta que era una ilusión provocada por Dani en base a su peor temor. Esto era lo que provocaba el bloqueo y David decide seguir tal como estaba.

New X-Men: Academy X 12

(Junio 2005)
Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Michael Ryan

Se presenta la escuadra de Rahne: los Paragons. Kevin les dice a los directores sobre el affair que tenían Josh y Rahne, y ella decide irse. Laurie se enoja con Josh, al igual que David, por haber mentido sobre sus sentimientos. El dr. Sean Garrison, decide ser consejero estudiantil en el Instituto... al parecer él es el padre de Laurie.

New X-Men: Academy X 13

(Julio 2005)
Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Michael Ryan

SHIELD, los Avengers y los X-Men están tras Wolverine, quien tras su lavado de cerebro, ahora trabaja como asesino de HYDRA (Wolverine 20-25). Infiltrado en el Instituto, mata a Northstar. Shan se hace cargo de la escuadra de Northstar, el Alpha Squadron. Elektra y ninjas de The Hand, roban el cuerpo de Jean-Paul para revivirlo y convertirlo en asesino. En el memorial del Instituto, es revelada una estatua en recuerdo de Northstar.

(Julio - Agosto 2005)
Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Paco Medina

Es el baile de primavera en el Instituto y los problemas entre los New Mutants se agravan, entre celos y desconfianzas. Scott y Emma le proponen a Dani dirigir la entrega de premios de fin de año, pues todos los X-Men están afuera en distintas misiones... al enterarse de esto, Blob se encamina hacia Salem Center. Durante la premiación (que ganan los Hellions), Blob ataca. Los New Mutants, Hellions y las Stepford Cuckoos se unen para pelear con él y derrotarlo. Shan intenta que Rahne regrese al Instituto, pero ella ahora trabaja junto a Multiple Man como investigadora privada. Magma acepta la oferta de Dani de unirse al staff de profesores. Los problemas entre los chicos han llegado a tal punto que David dice que los New Mutants se han acabado.

(Julio - Octubre 2005)

Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Clayton Henry

Los Hellions: Hellion (Julian Keller), Tag (Brian Cruz), Wither (Kevin Ford), Mercury (Cessily Kincaid), Dust (Sooraya Qadir) y Rockslide (Santo Vaccarro), viajan a California, a la casa de los padres de Julian, para pasar las vacaciones de verano. Allí se encuentran con un hombre llamado Kingmaker, quien les ofrece cumplir sus deseos. Los Hellions toman una prueba y aceptan firmar un contrato para obtener esos deseos,  pero a cambio de un trabajo. Kingmaker los envía a GenetAssist, donde se ha creado un arma biológica que quiere Dr. Octopus, un cliente suyo. En los laboratorios, se enfrentan a Paladin y Diamondback, quienes contratados por SHIELD pretenden robar esta arma. Los Hellions la obtienen y se la llevan a Kingmaker, pero al enterarse que fueron utilizados, lo combaten y se la quitan, pero a causa del poder de Kevin, el arma se pierde.

(Diciembre 2005)

Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Georges Jeanty

(Continuación del número 15)

Sofia ve como su escuadra, los New Mutants, están a punto de separarse. Julian, tras besarla, le dice que ella puede arreglar la situación. Sofia organiza una fogata para que conversen sobre sus diferencias. Así Josh se disculpa con Laurie por no haberle contado de su romance con Rahne y Laurie a su vez se disculpa con él y David por haber usado de mala forma sus feromonas. David también se disculpa con Noriko por como había estado actuando, producto de la visión del futuro que tuvo, ella comprende y se besan. Los New Mutants son nuevamente amigos y Dani decide ir a visitar a Rahne, con quien estaba enojada por lo ocurrido con Josh.

New X-Men: Academy X 16-19 "House Divided" (House of M Tie-in)

(Septiembre - Diciembre 2005)

Por Nunzio DeFilippis, Christina Weir y Aaron Lopresti

Los Hellions, un grupo junior de SHIELD a cargo de la agente Moonstar, detienen un ataque terrorista al New Mutant Leadership Institute. Al equipo se une Magik, y son enviados por Mystique a Japón, para desbaratar un grupo de resistencia humano, cuyo líder es el padre de Surge. Laurie mata a Quentin pues él descubrió su secreto... ella y su padre son espías de SHIELD. Cameron Hodge le dice a Nori donde encontrar a su padre. En Japón, los Hellions se enteran que el próximo blanco de los terroristas es el Proyecto Genesis, a cargo del emperador Sunfire. Los New Mutants llegan a Japón junto a Surge y se enfrentan a Donald Pierce. Nori encuentra a su padre y luego hace que Magik los teleporte a todos al laboratorio donde tratan de convertir humanos en mutantes... ese es el verdadero Proyecto Genesis, el cual lo ideó el Dr. Garrison, padre de Laurie. Cuando ella es delatada, usa sus feromonas para que todos peleen contra todos. El Dr. Garrison intenta matar a Shan y Doug Ramsey, pero interviene Tag y provoca que el Dr. se lance por una ventana y muera. Los New Mutants pelean contra los Hellions y los terroristas. Mercury mata a Laurie para que la locura acabe. Los chicos que aún quedan vivos tratan de desmantelar el proyecto, pero se encuentran con el emperador Sunfire, quien al dar la orden de matarlos... la realidad se "quema" en blanco. House of M ha acabado.

(Enero - Abril 2006)

Por Craig Kyle, Chris Yost y Mark Brooks

En el Instituto Xavier se produce el Día M, cuando acaba House of M y todo vuelve a ser como era, salvo para algunos mutantes que han perdido sus poderes. Entre los alumnos sin poderes están Tag, Wind Dancer y Prodigy. El reverendo William Stryker cree que lo que le ha pasado a los mutantes es un milagro. Wolverine les presenta a Laura (X-23). Kevin huye del Instituto. Laura tiene visiones de su madre, asesinada por ella, pero son inducidas por Emma. Emma quiere que se vaya, pues es una asesina peligrosa. Stryker forma una armada de asesinos. Stryker se acerca a Jay, quien aun no olvida a Julia Cabot, su novia muerta. Luego aparece en el Instituto sin sus alas. Elixir acude a ayudar, pero Emma le hace olvidar lo que ha visto y cita a todos los demás al Danger Room. Allí les informa que no habrá más escuadras y que todos competirán entre ellos y los últimos en pie entrenarán para ser X-Men. El entrenamiento termina y Emma selecciona a Mercury, Dust, Hellion, Elixir, Rockslide y Surge para entrenar como New X-Men. Cyclops llega e integra a X-23 también. Los estudiantes sin poderes que aún no se iban, al abordar el bus son impactados por un misil y mueren... entre ellos Brian Cruz (Tag).