Pueblo, situado a 651 metros, enclavado en dos laderas, dividido por el rio Trema. La sinuosa carretera de acceso al pueblo transita por un cañón con una formación en roca escarpada que flanquean en lo alto al paso del visitante; en este cañón confluye el rio que llegado a un punto va desapareciendo por varios sumideros que se encuentran en el lecho y laterales del mismo; en invierno y cuando estos sumideros no pueden absorber todo el caudal del rio es cuando continua atravesando el pueblo de Cornejo continuando por el cauce que habitualmente se encuentra seco.
Cornejo se sitúa en la Merindad de Sotoscueva, al norte de la provincia de Burgos, a unos 90 km aproximadamente respecto las tres ciudades más cercanas: Burgos, Bilbao y Santander. Cornejo esta a medio camino entre Espinosa de los Monteros (10 km) y Villarcayo (14 km) que son los pueblos más importantes de sus alrededores.