Retirado en su rancho de Wyoming, Ford estudiaba cada guión que caía en sus manos, desestimando aquellos en los que su personaje pudiese parecerse a los que ya había interpretado, sobre todo para evitar que le encasillasen. De esa manera elije interpretar al policía John Book, en la película Witness (Único Testigo), del director australiano Peter Weir.

Sus compañeros de rodaje eran entonces auténticos desconocidos Kelly McGillis (Top Gun) y Danny Glover (Arma Letal).

En Único testigo, Harrison Ford, hace una soberbia interpretación de un personaje muy humano, que a pesar de tener miedo cumple con su deber, sufre, se enamora, se cabrea, en fin un personaje que rompe con los que hasta ese momento había realizado. Esta actuación le valió la nominación al Oscar, la película también estuvo nominada. Pero ese año 1985 William Hurt y Memorias de África fueron los afortunados ganadores de la estatuilla.

La película viene a ser como un Solo ante el peligro de los 80, narra como un policía tiene que ofrecer protección a un niño testigo de un asesinato, el niño pertenece a una familia de la secta Amish, una secta que vive estancada en el pasado, pacífica y con reglas muy severas. Durante su estancia en la comisaría, el chico reconoce a uno de los asesinos en una fotografía, el problema es que el tipo de la foto es uno de los policías más destacados del departamento. John Book se dirige entonces a su jefe para comunicarle lo que ha descubierto, el jefe le escucha y le tranquiliza diciendole que va a poner el asunto en buenas manos. Pero no es así, tras estacionar su vehículo en un parking subterráneo, el policía corrupto que ha identificado el chico le intenta matar disparándole, él reacciona sacando su arma y repeliendo la agresión, el asesino emprende la huida, pero Book ha sido alcanzado en una pierna y tiene una pequeña herida. Tras comprender que el jefe del departamento también está implicado, recoje a la madre y al chico y emprende una huida al pueblo de los Amish donde buscarán refugio y se desarrollará el resto del film. La banda sonora del filme es excelente, y está compuesta por Maurice Jarre, que compondrá también la música para La Costa de los Mosquitos, su siguiente film.

En 1986, rueda The Mosquito Coast (La Costa de los Mosquitos), otra vez junto a su amigo el director Peter Weir. El rodaje de exteriores tuvo lugar en Belice, y el guión se basaba en la novela de Paul Theroux. Su interpretación de un hombre harto de la sociedad consumista, que coje a su familia y se la lleva a vivir a la selva, es sencillamente magistral, aunque la película es bastante pesada y lenta.

Sus compañeros de trabajo en esta cinta fueron, el actor tristemente desaparecido, River Phoenix y la actriz británica, Helen Mirren. El filme resultó un fracaso, siendo el primer revés de su carrera, tras muchos años de éxitos y con lo mucho que había trabajado en la elaboración del personaje, Ford no lo asimiló y se retiró a meditar a su rancho.

Durante ese tiempo por sus manos fueron cayendo buenos guiones, pero el revés de La Costa de los Mosquitos le había creado una cierta inseguridad, que hacía que uno tras otro los descartara.

En esa época, por medio de su mujer viaja a Europa y conoce a Roman Polanski, el cual un día le comenta el proyecto de un guión para una película que tiene en mente.

Ese film es Frantic (Frenético), Polanski había pensado en Dustin Hoffman para que encarnara al doctor Richard Walker, al cual le secuestran a su esposa, pero Ford volvió a repetir la jugada de Blade Runer, robándole el papel a Hoffman.
Junto a Ford, que es el único actor conocido que aparece en el filme, está la bella actriz Emmanuelle Seigner, nieta de un famoso actor francés llamado Louis Seigner. Polanski se enamora de ella durante el rodaje y pocos meses más tarde contraeran matrimonio.