Hijo de un enólogo, su familia emigra a Extremadura cuando él tenía 8 años. Allí estudió en diferentes escuelas religiosas que le hicieron perder la fe. Por esa época comienza a ir asiduamente al cine en Cáceres. A los 16 años se traslada a Madrid sin familia y sin dinero, pero con el proyecto de estudiar y hacer cine. No pudo matricularse en la Escuela Oficial de Cinematografía porque Franco acababa de cerrarla. Almodóvar consiguió un empleo estable en la Compañía Telefónica Nacional de España, en la que trabajó durante 12 años como auxiliar administrativo.

A finales de los 70 comienza a escribir guiones de cómic y colabora en revistas underground como Star, El Víbora y Vibraciones, con relatos y reflexiones sobre la vida. En 1972 rueda sus primeros cortos en Súper8 y los promociona por Madrid y Barcelona. Estos cortos, sin sonido y doblados por él mismo durante las proyecciones, supusieron su escuela como cineasta. Además, continuó con su afición por la literatura escribiendo una novela corta llamada Fuego en las entrañas y una fotonovela pornográfica: Toda tuya. También siguió colaborando en periódicos como El País y Diario 16 y en la revista La Luna, para la que crea el personaje de Patty Diphusa.

A comienzos de los 80, Almodóvar forma parte del grupo teatral Los Goliardos, compañía con la que interpreta pequeños papeles. Fue en este mundo donde conoce a su primera musa fílmica: Carmen Maura, protagonista de su “ópera prima”: Pepi, Luci, Bom y otras chicas del montón (1980), proyecto que nació originalmente de una fotonovela llamada Erecciones generales, escrita por el propio Almodóvar a raíz de un encargo de la revista El Víbora. Las serias dificultades económicas por las que pasó la película hicieron a Almodóvar agudizar su ingenio, por lo que la creatividad alcanzó una cota hasta ahora desconocida en España. Su siguiente película fue Laberinto de pasiones (1982), donde representó la Movida Madrileña de finales de los 70 y principios de los 80. La película, que tuvo una buena acogida entre el público, convirtió a Almodóvar en un referente del cine español. En ella, debutó como actor el malagueño Antonio Banderas.

En 1983 rueda Entre tinieblas, donde trata por vez primera el tema de la religión. Al año siguiente dirige la película más naturalista y social de su carrera ¿Qué he hecho yo para merecer esto?. La difusión internacional de esta comedia negra supuso la apertura del cine de Almodóvar al mercado europeo. El periódico The New York Times calificó el largometraje de obra maestra. Tras el éxito de este filme, Almodóvar da un giro temático y visual a su carrera cinematográfica. Matador (1985) se convierte en la obra más desmarcada con respecto a sus anteriores largometrajes. El filme se aleja del naturalismo y de la comedia para convertirse en una fábula sobre la muerte, el sexo y la culpa. En España, la película crea gran desasosiego y las opiniones acerca de ella son diversas. Sin embargo, el filme es bien recibido en el extranjero, sobre todo, en América Latina.

En 1986, Almodóvar dirige La ley del deseo. Su productora El Deseo, creada en ese año por él y su hermano Agustín Almodóvar, financiará esta película y sus siguientes proyectos, además de las obras de otros directores, como es el caso de Acción mutante (1992), de Álex de la Iglesia; o Mi vida sin mí (2002), de Isabel Coixet.-En 1987, rueda Mujeres al borde de un ataque de nervios, película que supone el punto de inflexión de la cinematografía de Almodóvar. Esta comedia de difusión internacional, fue nominada al Oscar de la Academia de Cine de Hollywood. También consiguió el beneplácito del público al romper varios récords de taquillas españolas e internacionales.

En 1989 comienza una nueva película: ¡Átame!, obra que marca la ruptura con su actriz de referencia, Carmen Maura, para colaborar con otra diva del panorama español y europeo; Victoria Abril se convierte en su nueva inspiración.

La película, que arrasó en las taquillas españolas, fue un escándalo en Estados Unidos. La MPAA (Motion Pictures Association of America), organismo encargado de la calificación de los filmes, marginó su distribución, al calificarla de Cine X. La distribuidora americana de ¡Átame!, Miramax, se embarcó en una batalla legal con la que consiguió una nueva calificación: NC17, adjudicada a películas de naturaleza sexual explícita que anteriormente eran consideradas pornográficas.

En 1990, Almodóvar concluye un guión de gran intensidad dramática que había comenzado tiempo atrás:Tacones lejanos, interpretado por Marisa Paredes y Victoria Abril. El largometraje obtendrá el César, premio más importante otorgado por el cine francés, aunque también cosechará importantes éxitos en España e Italia. En 1993, estrena Kika, obra fílmica de protagonismo coral en la que cada personaje pertenece a un género cinematográfico distinto. El resultado es una película libre y heterodoxa que agradó al público y dividió a la crítica. La flor de mi secreto (1995) es un melodrama intimista y de aspecto formal comedido que interesó al público extranjero. Carne Trémula (1997) es, en cambio, una historia cercana al “thriller”.

En 1997, Almodóvar es condecorado con la Medalla de Oro de Castilla–La Mancha, por ser uno de los más ilustres representantes de la región, tanto a nivel nacional como internacional. Al año siguiente también recibirá la Medalla de Oro al Mérito en las Bellas Artes. El conocido a partir de este momento como "el manchego más internacional" consiguió un éxito sin precedentes en el cine español con el largometraje Todo sobre mi madre (1999). La película ganó el Oscar de Hollywood al Mejor Guión Original, la Palma de Oro al Mejor Director en el Festival de Cannes y el Goya, en la misma categoría. La Academia de Cine Francesa le concedió el César Honorífico.

En 2002 Almodóvar estrenó Hable con ella, película de tanto éxito como Todo sobre mi madre. La prensa mundial elogió el filme, mientras que Almodóvar obtuvo el Oscar al Mejor Guión Original en unas nominaciones en las que se enfrentó a cineastas de la talla de Martin Scorsese.

Su siguiente proyecto fue La mala educación (2004), historia que llevaba perfilando desde hace 30 años. El Festival de Cannes eligió su largometraje para inaugurar la edición del año 2004.

En 2005, Pedro Almodóvar protagonizó unos de los capítulos más amargos en la Historia del Cine Español. El director manchego solicitó la baja en la Academia de las Artes y Ciencias Cinematográficas al estar en desacuerdo con el sistema de votación, modificado dos años atrás, por el que se eligen las películas que optarán a premios y nominaciones en los diferentes festivales de cine internacionales. De este modo, mostró su descontento por la opacidad del sistema de votación así como por el escaso reconocimiento que, según él, muestra la Academia de cine de España hacia su trabajo.

En 2006 estrenó su última joya cinematográfica: Volver (2006), una comedia costumbrista ambientada en La Mancha. Está protagonizada por dos de sus musas: Penélope Cruz y Carmen Maura, que comparten reparto con las magníficas Lola Dueñas, Blanca Portillo y Chus Lampreave. La cinta triunfó en la gala de los Goya; recibió los premios a Mejor Película, Mejor Dirección, Mejor Música Original, Mejor Interpretación Femenina Protagonista (Penélope Cruz) y Mejor Interpretación Femenina de Reparto (Carmen Maura). Además, la crítica cinematográfica británica condecoró al largometraje del director manchego con el Premio a la Mejor Película del Año en Lengua Extranjera. Los últimos galardones conseguidos son dos Fotogramas de Plata a la Mejor Película y a la Mejor Actriz, este último premio, para Penélope Cruz, y seis premios de la Academia de Cine Europeo.

En 2006 Almodóvar también recibió el Premio Príncipe de Asturias de las Artes y, a comienzos de 2007, el director manchego obtuvo en Barcelona el Premio Terenci Moix al Mejor Trabajo Cinematográfico del año 2006 por su último largometraje: Volver. Meses después fue distinguido con la insignia de comendador de la Órden al Mérito de la República italiana por su labor cinematográfica donde muestra “la verdad sobre nuestro tiempo”, según el ministro de Cultura italiano, Francesco Rutelli.

Durante el mes de noviembre se representó en el teatro Old Vic de Londres, la adaptación teatral de su obra cinematográfica Todo sobre mi madre (1999), con la que Pedro Almodóvar ganó un Oscar de Hollywood a la Mejor Película Extranjera.

La adaptación, de la que se ha encargado el dramaturgo británico Samuel Adamson, lleva por título All about my mother, traducción literal del nombre en español que ya se utilizó para promocionar la película en mercado anglosajón. La historia es la misma que en el filme aunque, además, se añade al final de la obra unos versos de Federico García Lorca. No obstante, la crítica británica ha mostrado su preferencia por el filme frente a la obra escénica. Además, Almodóvar anunció en la capital británica que su largometraje Mujeres al borde de un ataque de nervios (1987), será adaptada escénicamente como un musical que se estrenará en Broadway.

El director manchego ha revelado recientemente el título de su próximo largometraje: La piel que habito (2008), inspirada en la novela negra Tarántula, del escritor francés Thierry Jonquet, de la que Almodóvar adquirió los derechos hace años. Trata de un cirujano plástico que rapta al violador de su hija e intenta vengarse de él practicándole un cambio de sexo. Penélope Cruz será la protagonista de la película. Pero Almodóvar no sólo ha escrito el guión del que será su siguiente filme sino, también, los textos de sus próximas dos cintas, para luego rodarlas de forma consecutiva, como ya hizo con con Todo sobre mi madre (1999) y Hable con ella (2002). Una de ellas se titulará Los abrazos rotos (2010), una cinta con estilo del cine de los años 50 en la que el director manchego volverá a contar con Penélope Cruz, además de con Blanca Portillo y Lluís Homar.

Recientemente ha adquirido los derechos de la biografía del poeta de ideología comunista Marcos Ana, voz de los presos durante el periodo franquista. Ana estuvo encarcelado durante 23 años y relata en un libro su difícil encuentro con la libertad: marearse al ir en coche, tener su primera experiencia sexual a los 41 años con una prostituta, etc.