Cursó estudios relacionados con el medio cinematográfico en el País Vasco, Venezuela y Cuba. Ha trabajado como técnico en películas como Justino, un asesino de la tercera edad (1994), de Santiago Aguilar y Luis Guridi; Salto al vacío (1995), de Daniel Calparsoro; y Lucía y el sexo (2000), de Julio Medem. También ha realizado vídeos, anuncios y ha trabajado como maquinista para varias televisiones venezolanas.

Junto a Telmo Esnal dirigió los cortometrajes Txotx (1997), que recibió el premio al Mejor Cortometraje en el Festival de Cine Español de Málaga, y 40 ezetz (1999), en euskera. Desde el año 2000 Asier Altuna trabaja como guionista para Euskal Telebista (ETB), la televisión autonómica vasca, en el programa Sorginen laratza.

Con su siguiente trabajo, Topeka (2002), obtuvo el Premio Caracola de Alcances al Mejor Cortometraje; el Gran Premio del Cine Vasco y el Premio al Mejor Guión Vasco en el Zinebi.

Esnal y Altuna vuelven a dirigir juntos pero, en este caso, una comedia en euskera titulada ¡Aupa Etxebeste! (2005). El filme, que recibió el Premio de la Juventud en el Festival Internacional de Cine de San Sebastián, es la primera película rodada íntegramente en euskera desde hace 13 años.

Su último trabajo cinematográfico ha sido el cortometraje sobre los derechos humanos Sarean (2006), premiado en el Festival de Guadalajara (México).