Montadora de TVE, dirigió en 1997 el cortometraje de ficción El viento africano. A partir de 1998 se centra en el lenguaje documental y participa en el Máster de Documental de Creación de la Universidad Pompeu Fabra de Barcelona. Fue montadora del largometraje En construcción (2001), de José Luis Guerín, ganador del Premio Goya al Mejor documental y el Premio Internacional del Jurado en el Festival Internacional de Cine de San Sebastián.

El cielo gira (2004) es su primer documental. Trata el tema de la despoblación rural al tiempo que realiza un paralelismo entre la situación de una pequeña aldea y la realidad del pintor pamplonés Pello Azketa, a quien una enfermedad ha ido dejando sin vista poco a poco.

El documental está ambientado en su pueblo natal, que actualmente tan sólo tiene 14 habitantes. Mercedes Álvarez fue la última niña que nació en la aldea y, cuando ella tenía tres años, su familia emigró a la ciudad. Para realizar esta película, la directora se trasladó un año a vivir a Aldeaseñor junto con su equipo formado por no más de 10 personas.

Alberto Rodríguez, director de 7 vírgenes (2005), fue el director de fotografía del documental, galardonado con los premios a la Mejor Película en el Festival de Cine de Rotterdam, en el Festival de París Cinéma du Réel y en el Festival de Cine Independiente de Buenos Aires. En el Festival de Málaga obtuvo la Mención Especial al Mejor Documental y en el Festival Ópera Prima de Tudela (Navarra) recibió el Premio Especial del Jurado, que compartió con la película Tapas (2005), dirigida por José Corbacho y Juan Cruz.

A comienzos del año pasado, Mercedes Álvarez impartió en Madrid un curso sobre el lenguaje documental y donde habló de El cielo gira.