Profesor de electrónica en el Instituto Politécnico de Pamplona, se interesó por el cine documental y realizó varios cortos a partir de 1979. Elías Querejeta produjo su primer largometraje, Tasio (1984), filme que describe la vida de un carbonero navarro con una técnica y estilo muy próximos a sus documentales.

Su siguiente película, 27 horas (1986), es la crónica del final de dos jóvenes drogadictos en San Sebastián, rodada en escenarios reales y con actores no profesionales. La película fue galardonada con la Concha de Plata en el Festival de San Sebastián.

Las cartas de Alou (1990) trata el tema de la inmigración e Historias del Kronen (1995), basada en la novela homónima de José Ángel Mañas, autor también del libro Mensaka, obra literaria que llevó al cine Salvador García Ruiz en 1998; y Chevrolet (1997), ambientada en las clases marginales urbanas. El éxito llegó con Secretos del corazón (1997), una película producida por Imanol Uribe, que obtuvo el Premio Ángel Azul en el Festival de Cine de Berlín y fue nominada al Oscar a la Mejor Película de Habla No Inglesa. En 1999 cofunda la productora independiente Oria Films.

Silencio roto (2001) es una historia de amor y combate protagonizada por Lucía Jiménez y Juan Diego Botto, un maqui refugiado en las montañas navarras en el invierno de 1944 que lucha contra la represión franquista. Su siguiente trabajo es Escenario móvil (2004), una película inspirada en la vida cotidiana de músicos que van de pueblo en pueblo dentro de la comarca extremeña. Ese año fue elegido vicepresidente segundo de la Academia de las Artes y las Ciencias Cinematográficas. David Trueba fue nombrado vicepresidente primero y Mercedes Sampietro, presidenta. Actualmente, la presidenta es Ángeles González–Sinde y Enrique Urbizu y Manuel Gómez Pereira, vicepresidentes primero y segundo, respectivamente.

En 2005 estrenó en el Festival de Cine de San Sebastián Obaba, un filme protagonizado por Pilar López de Ayala y Juan Diego Botto y basado en la novela Obabakoak, de Bernardo Atxaga.

La mayor parte de su filmografía está centrada en temas sociales, vía que lleva a Armendáriz a hacer un cine distinto de las ficciones habituales, interesante y valioso como testimonio social.