Director de ascendencia donostiarra que, a los pocos meses de nacer, se marcha a vivir a San Sebastián. Es primo del también cineasta Pedro Aguilera.

Estudió cine y Ciencias Políticas en Madrid. Amplió su formación fílmica y artística en Nueva York entre 1989 y 1993, donde realiza los siguientes cortometrajes: Síndrome Rufus, La playa y W.C.

Salto al vacío (1995), es un filme codirigido junto a Manuel Iborra y Azucena Rodríguez, que fue ganador de los festivales de cine de Cádiz y Bogotá. Sus siguientes trabajos fueron Pasajes (1996), producida por la productora de Pedro Almodóvar, El Deseo y A ciegas (1997), ambas protagonizadas por Najwa Nimri, actriz con la que contrajo matrimonio. Asfalto (2000), también está protagonizada por su ex mujer, Juan Diego Botto y Gustavo Salmerón.

Najwa participó en la banda sonora de esta película al igual que en la siguiente de Calparsoro: Guerreros (2002). Interpretada por Eloy Azorín y Eduardo Noriega, es un retrato de los soldados españoles destinados en Bosnia y Kosovo.

Su siguiente largometraje se titula Ausentes (2005). Es un thriller psicológico protagonizado por Ariadna Gil y Jordi Mollá, un matrimonio que se muda con sus hijos a una urbanización a las afueras de la ciudad.

Julia comienza a sospechar que algo extraño ocurre en la casa y sus temores se acrecientan cuando se da cuenta de que la urbanización está totalmente deshabitada. Ese mismo año estrenó partenidad junto a Patricia Vico, actriz que interpreta a Maca en la serie televisiva Hospital Central (2000–2008).

En 2006 dirigió el cortometraje Stoy arto, cuyo guión ha sido escrito por alumnos del instituto Las Américas de Parla (Madrid), que lo enviaron para concursar en el III Festival Internacional de Cine para la Infancia y la Juventud (FICI). También ha dirigido este año un anuncio, financiado por el Gobierno, para promocionar el turismo en el País Vasco.