Licenciado en Derecho por la Universidad de Barcelona, estudió más tarde, en la Escuela de Cine de Madrid. En 1952 viajó a París para entrar en el entorno de la Cinemateca, donde conoció a François Truffaut (1932–1984) y a André Bazin (1918–1958), crítico de cine y director de la revista Cahiers du cinéma; y donde adquirió la conciencia política que mostró en su obra fílmica.

Reconocido como maestro del documental español y como uno de fundadores de la Escuela de Barcelona, de la que también formaron parte Pere Portabella, Vicente Aranda, Jacinto Esteva, José María Nunes, Ricardo Bofill, Gonzalo Suárez y Carlos Durán.

Hijo de un notario falangista, ingresó en 1958 en el Instituto de Investigaciones y Experiencias Cinematográficas que abandonó antes de finalizar los estudios. Por esa época, militó clandestinamente en el Partico Comunista, publicó artículos en las revistas Acento Cultural, Cine Universitario y Nuestro Cine, y trabajó como ayudante de dirección, script, director de producción y actor.

En 1960 codirige junto a Julián Marcos El día de los muertos. Junto con Jacinto Esteva, otro de los mentores de la Escuela de Barcelona, dirigió el filme manifiesto de este movimiento: Dante no es únicamente severo (1967), Premio Filmcrítica y Premio Pentagrama de Oro en el Festival de Cine de Pesaro.

Poco después se exilió a Italia y no volvió a España hasta 1973. Allí dirigió una serie de producciones como: María Aurèlia Capmany parla de ‘Un lloc entre els morts’ (1968), el documental militante Portogallo paese tranquilo (1969), Premio Paloma de Oro del Festival de Cine de Leipzig; Il perché del dissenso Lenin vivo (1970), junto a Gianni Toti; e I tupamaros ci parlano (1970), Gran Premio del Festival Porreta Teme.

En 1977 escribió su primer guión junto a Vicente Aranda: Cambio de sexo, dirigida por este último. Dos años después se estrenó como documentalista con Numax presenta… (1979), cinta en la que Jordá describe la experiencia de autogestión que llevaron a cabo los trabajadores de la fábrica de electrodomésticos Numax como respuesta al intento de cierre irregular por parte de los propietarios.

Entre finales de los 80 y principios de los 90 olvida el ejercicio de la cinematografía con la excepción de la escritura de los guiones de películas como El Lute, camina o revienta (1987), El Lute, mañana seré libre (1988), Los jinetes del alba (1991), de Vicente Aranda; La vieja música (1985), de Mario Camus; o Así como habían sido (1985), de Andrés Linares.

El documental El encargo del cazador (1990), fue un retrato de su amigo Jacinto Esteva, su personalidad y sus frustraciones no sólo como director de cine, sino también, como militante de izquierdas. La cinta obtuvo el Primer Premio en la Semana de Cine Español de Murcia y en el Festival de Cine de Alcalá de Henares.

En 1995 escribió el guión de la película de Chus Gutiérrez, Alma gitana. Un año después estrenó su segundo largometraje en España: Un cuerpo en el bosque (1996), Premio Ciudad de Barcelona y Mención Especial en el Festival de Cine Mediterráneo de Montpellier.

El documental Monas como Becky (1999), fue ambientado en un psiquiátrico donde un grupo de internos representa una obra teatral cuyo tema es la lobotomía. La película fue galardonada con el Premio de la Asociación Catalana de Escritores y Guionistas Cinematográficos en el Festival de Sitges, Premio Sant Jordi de Cinematografía a la Trayectoria Profesional, Premio Ciudad de Barcelona de Audiovisuales y Premio Nacional de Cinematografía de la Generalitat de Cataluña.

De niños (2003) es otro documental que revela la manipulación del caso de pederastia del barrio barcelonés El Raval, ocurrido en 1997. El objetivo de este filme, según Joaquín Jordá, “no es realizar un documento sobre el juicio a los acusados de pederastia, sino mostrar cómo la prensa funciona a través de un juicio y cómo construye noticias falsas”. El realizador catalán, que decidió realizar esta película después de sufrir un infarto cerebral, pensó como título inicial Juego de niños porque, según él, tanto los fiscales como los periodistas, etc. jugaban como niños en un asunto tan serio y complicado.

Veinte años no es nada (2005), es una continuación del filme Numax presenta…. (1979). 25 años después de la autogestión de una empresa de electrodomésticos por parte de sus trabajadores, el cineasta catalán ha buscado a los antiguos trabajadores de esta compañía para contar el recorrido vital de cada uno de ellos desde la transición española hasta hoy.

Profesor de guión en la Universidad Pompeu Fabra, le fue otorgado antes de su fallecimiento el Premio Nacional de Cine 2006, que no llegó a recoger en persona. El Ministerio de Cultura destacó la capacidad de Jordá “como guionista y director, para convertirse en maestro de varias generaciones de cineastas”. Esta distinción, concedida por el Instituto Cinematografía y de las Artes Audiovisuales, dependiente de Cultura, reconoció la obra de Jordá como “la aportación más sobresaliente en el ámbito cinematográfico español, puesta de manifiesto durante 2005".

La última comparecencia pública de Jordá fue días antes de fallecer víctima de cáncer. Presentó su biografía, Joaquín Jordá, la mirada libre (2006), escrita por Laia Manresa, y afirmó que su único propósito en el cine había sido "no mirar allí donde no quería". Tras su muerte, se presentó su obra póstuma Más allá del espejo (2006), un largometraje documental que se introduce en el mundo de dos enfermedades cerebrales, las agnosias y las alexias, que hacen que el afectado perciba la realidad de manera diferente.