Licenciado en Ciencias de la Información, Fernando León de Aranoa comenzó a ser conocido como guionista y dibujante, aunque es como director cinematográfico donde encuentra el éxito.
Comenzó trabajando en programas televisivos como Un, dos, tres y Martes y trece hasta que en 1994 rueda su primer largometraje, Sirenas, galardonado en el Festival de Cine de Alcalá de Henares (Madrid). En él trabajó como intérprete el actor, y también director, Antonio del Real. De este modo conoce a Elías Querejeta, que produce su opera prima, Familia (1996), historia de un hombre solitario que contrata a una familia ideal para celebrar su cumpleaños. Por este largometraje, premiado en el Festival de Cine de Valladolid, Fernando León recibe el Goya a la Mejor Dirección Novel.
Con su siguiente largometraje, Barrio
(1998), alcanzó el reconocimiento del público y de la profesión,
pues fue galardonado con dos Goya a la Mejor Dirección y al Mejor
Guión Original, además de ser premiado en el Festival de
Cine de San Sebastián.
Este año también codirige, junto a Gracia Querejeta y Azucena Rodríguez, el documental Primarias (1998).
En 2000 León y Elías Querejeta escriben el documental La espalda del mundo, del peruano Javier Corcuera. Al año siguiente trabaja como guionista en Fausto 5.0 (2001), de Álex Ollé, Isidro Ortiz y Carlos Padrissa, y dirige Caminantes (2001), película en la que el Ejército Zapatista convoca una marcha para exigir el reconocimiento de los derechos de las poblaciones indígenas mexicanas.
Su siguiente trabajo y el de mayor éxito es Los lunes al sol (2002), un drama social protagonizado por Javier Bardem, que trata el tema del paro. La película obtuvo la Concha de Oro en el Festival de Cine de San Sebastián mientas que León recibió el Goya al Mejor Director.
En 2005 presentó Princesas, una historia de dos prostitutas protagonizada por Candela Peña y Micaela Nevárez. La película supuso un nuevo éxito para Fernando León, ya que no sólo supuso su debut como productor, sino que la cinta obtuvo 10 premios, entre ellos, el Goya a la Mejor Canción Original, interpretada y compuesta por Manu Chao y el Premio Cinemanía otorgado por los Premios Ondas.