Estudió cine y teatro en el Taller de las Artes Imaginarias y un Máster en Escritura de Guiones Cinematográficos por la Universidad Autónoma de Madrid.

Su cortometraje más destacado es Raíles de sangre (1990). De ahí da paso a la dirección de largometrajes con Los hijos del viento (1995), película de la que escribió el guión, además de trabajar en ella como actor y productor. En sus siguientes trabajos, Agujetas en el alma (1997), Casting (1998), primera película española rodada en vídeo digital; y La caída del imperio (2001), Fernando Merinero trabaja como guionista, productor y director.

En La novia de Lázaro (2002), además de desempeñar los trabajos anteriores, interpreta también a un personaje. La película obtuvo el Premio del Público a la Mejor Película en el Festival Internacional de Cine Pobre de Gibara (Cuba). Ese año también trabajó como productor ejecutivo de Off (2002), opera prima de Antonio Dyaz.