Estudió cine en la Escuela de Estudios de Cine y Audiovisuales de Cataluña, en la que actualmente imparte clases. Se graduó en este centro con el cortometraje Back Room (El cuarto oscuro) (1999), filme en el que cinco personas que se encuentran en un cuarto oscuro de una discoteca de ambiente comienzan a establecer relaciones.

En 2002 dirige los cortometrajes Divadlo y Upside Down, que obtuvo el Premio Cecilio Paniagua a la Mejor Fotografía y los premios al Mejor Director y al Mejor Cortometraje en el Festival de Cine de Huesca.

Con El habitante incierto (2005), Guillem Morales debuta en la dirección cinematográfica. Su opera prima, un filme de terror psicológico del que también ha escrito el guión, fue premiada en el Festival de Cine Fantástico de Bilbao, Fant. La película cuenta cómo una pareja de novios a punto de separarse abre la puerta una noche a un desconocido que desaparece dentro de su casa sin dejar rastro. Ese año también dirigió en vídeo el cortometraje A.P.A.A.I (Acontecimientos Posibles Aunque Altamente Improbables) (2005), en la que un grupo de personas se sumerge en un estado entre la vigilia y el sueño para experimentar con acontecimientos de la vida cotidiana.