Entre 1977 y 1980 rodó sus primeros cortometrajes en formato de Super8. Con Mónica, Aconteceu en Galicia, O derradeiro Fiana, Amanece en Vigo, Reflexión y Ensueños participó en distintos certámenes en los que ganó varios premios. En 1981 consigue que una productora financie su primer cortometraje en formato profesional 35 mm. Homo Hominis Opus I fue seleccionado por la Mostra Internacional de Cinema de Sao Paulo y distinguido con una Mención Especial en el Festival Internacional de Cine de Bilbao. A partir de ese momento, el cineasta gallego se convirtió en uno de los cortometrajistas españoles más prolíficos. Entre 1981 y 1984 dirigió 18 cortos de ficción en formato 35 mm. exhibidos comercialmente en los cines de toda España. Son los siguientes: Augurio (1981), Virginal: vestida de fiesta (1981), Cien puntos para Julián Pintos (1981), El tubo de rayos catódicos (1981), Una historia gallega (1982), Añoranzas (1982), Juego decisivo (1982), Muñeca de azul (1982), Hechizo (1982), La tercera mujer (1983), La esfera (1983), Mujer, mujer (1983) Carmín (1983), El rito (1983), Cinefilia (1983) y Gula (1984). La directora Pilar Sueiro participó en todas estas obras fílmicas como productora o actriz.

En 1985 funda junto a Sueiro la productora Atlántico Films y dirige su primer largometraje, La gran comedia, presentada en el Festival de Cine de San Sebastián. En 1991 dirige su segundo filme, El juego de los mensajes invisibles, basado en la novela El hijo adoptivo, de Álvaro Pombo, con la que participa en numerosos festivales internacionales y consigue el Premio a la Mejor Película en el Festival Internacional de Cinema de Figueira da Foz (Portugal) en el año 1992. Ese mismo año Pinzás interviene junto a Quentin Tarantino en la mesa redonda de la Mostra Internacional de Cinema de Sao Paulo (Brasil), al ser invitados como representantes de la nueva generación de directores.

En 1994 escribe el guión y dirige su tercer trabajo: La leyenda de la doncella, con la que consigue el Premio Colón de Plata en el Festival de Cine Iberoamericano de Huelva de ese mismo año, el Premio Garza de Oro a la Mejor Película en el Festival de Cine Hispano de Miami y el Unicornio de Plata al Mejor Guión y a la Mejor Fotografía en la Semana Internacional de Cine Fantástico de Estepona (Málaga).

En 1998 produce la ópera prima de Pilar Sueiro, Cuando el mundo se acabe te seguiré amando, que la convierte en la primera directora gallega de largometrajes. En 1999 escribe el guión de su próxima película. Para el año 2000 comienza con el rodaje de Érase otra vez, primera película española enmarcada en el cine Dogma. Con ella representa a España en la Sección Oficial del Festival Internacional de Cine de Moscú.

En 2001 fue homenajeado en el Festival Internacional de Cine de Burgos y, al año siguiente, el Ayuntamiento de Vigo le otorga el título de Vigués Distinguido. En 2002 rueda en Galicia su quinto largometraje y segundo adscrito al cine Dogma. Días de boda, galardonada con el Diploma Oficial de Lars von Trier, creador del cine Dogma.

Su última obra, El desenlace (2005), es una película con la que cierra la trilogía oficial del cine Dogma español. Protagonizada por José Sancho, Beatriz Rico y Carlos Bardem, trata de un director de cine y una joven productora con un pasado oscuro que deciden realizar una película basada en el último libro del escritor de éxito Rosendo Carballo, un hombre con tendencias homosexuales que ha roto su matrimonio de conveniencia para compartir su vida con un gay. Con estas tres últimas películas, Juan Pinzás se ha convertido en el único director español reconocido oficialmente por el movimiento Dogma95, la última vanguardia cinematográfica europea, creada por los cineastas daneses Lars von Trier y Thomas Vinterberg.

Los proyectos en los que está trabajando son el largometraje experimental con localizaciones en Vigo, Madrid y Nueva York, titulado El sueño de Nueva York, y el thriller psicológico El círculo del destino.