Productor, guionista y director. Estudió Química y Derecho. Se acercó al cine dirigiendo junto a Antonio Eceiza los cortometrajes documentales en blanco y negro A través de San Sebastián (1960) y A través del fútbol (1962), esté último de carácter deportivo.

En 1963 creó su propia productora Elías Querejeta Producciones Cinematográficas con las que ha financiado más de 50 películas de directores como Carlos Saura, Víctor Erice, Ricardo Franco, Manuel Gutiérrez Aragón, Montxo Armendáriz, Jaime Chávarri, Juan Manuel Chumilla Carbajosa, Fernando León, Jorge Grau y de su hija, Gracia Querejeta.

Convertido en el productor más importante de la cinematografía española, cuentan que otra de sus grandes azañas fue jugar en la Real Sociedad y marcarle un gol al Real Madrid.

A lo largo de su vida profesional ha recibido diferentes reconocimientos por su trayectoria como productor fílmico. En 1985 el Instituto del Cine Británico le homenajeó por el conjunto de su trabajo. Al año siguiente recibió el Premio Nacional de Cinematografía y, en 1987, el Premio Europa Cinema al Mejor Productor Europeo en el Festival de Rimini (Italia). En 1991 recibió otro homenaje en el Festival Internacional de Cine de Chicago (Estados Unidos), por el conjunto de su trabajo y trayectoria profesional. En 2001 recibió la Medalla de Oro de la Academia de las Artes y las Ciencias Cinematográficas en reconocimiento a su carrera profesional. En 2003 Festival de Cine de San Sebastián premió sus 40 años de profesión, y en 2005 ha recibido la Medalla de Honor del Círculo de Escritores Cinematográficos y la Medalla de Oro del Círculo de Bellas Artes.