Director de cine, teatro, ópera y zarzuela, se licenció en Filología Inglesa por la Universidad de Madrid y en Literatura y Teatro por las Universidades de Madrid y Exeter (Reino Unido).

En 1988 recibió el Premio Nacional de Teatro y en 1990 realiza para la televisión argentina La otra historia de Rosendo Juárez, película basada en un relato de Jorge Luis Borges a cuyo protagonista da vida Antonio Banderas.

Dos años después debuta en la dirección cinematográfica con Una mujer bajo la lluvia (1992), con un guión de Manuel Hidalgo y Edgar Neville. Ese año también dirige el espectáculo estrella de la Exposición Universal de Sevilla, Azabache, que reunió sobre el escenario a Imperio Argentina, Rocío Jurado y Nati Mistral.

Además, escenógrafo y figurinista, ha desempeñado esta labor en películas de Carlos Saura, Pilar Miró, Fernando Trueba, Manuel Gutiérrez Aragón y Montxo Armendáriz.

En 1996 adapta la obra de Fernando de Rojas en la película La Celestina, protagonizada por Penélope Cruz y Juan Diego Botto. Tres años después realiza para televisión el musical Tatuaje (1999) y recibe el Premio Goya a la Mejor Dirección Artística por la película La niña de tus ojos, de Fernando Trueba.

Segunda piel (2000) es un largometraje protagonizado por Ariadna Gil, Javier Bardem, Jordi Mollá y Cecilia Roth. Fue galardonado con el Premio Glitter en el Festival Internacional de Cine Gay de Estados Unidos.

Deseo (2002) es su último trabajo para el cine. Se trata de una coproducción hispano–argentina en la que actúan Leonardo Sbaraglia, Cecilia Roth, Leonor Watling, Ernesto Alterio y Rosa María Sardá.

Gerardo Vera fue nombrado en 2004 director del Centro Dramático Nacional (CND), sustituyendo en el cargo a Juan Carlos Pérez de la Fuente, responsable durante casi ocho años.