Zatanna aparece nuevamente en la macrosaga "War of the Gods", en la que se enfrentan los distintos panteones sagrados que se alojan en DC Comics a causa de las maquinaciones de la maga Circe, enemiga eterna de Wonder Woman. En esta macrosaga, George Pérez le devuelve a Zatanna su traje de heroína que utilizaba en sus aventuras en la Liga de la Justicia, continuando con el intento de remodelación de la maga que se venía dando desde Secret Origins 32, que continuará en la Miniserie de Zatanna y que culminará con la vuelta al traje de los orígenes.

En War of the Gods 1 (septiembre de 1991, "La red de fuego infernal"), vemos a Zatanna meditando en su casa, presintiendo con su poder que algo descomunal se avecina. En War of the Gods 2 (octubre de 1991, "Las Guerras Sagradas"), Zatanna se reúne con el resto del "staff" de hechiceros para conjurar el poder de Circe, con la ayuda de Geoforce y Wonder Woman, cosa que continúa en War of the Gods 3 (noviembre de 1991, "Bajas de guerra"), pero esta vez con la colaboración de Animal Man. Finalmente, en War of the Gods 4 (diciembre de 1991, "En el principio fue el fin"), Zatanna es atacada por un falso esqueleto de su padre, creado por Circe para destruir el cordón mágico de los hechiceros, pero en el final todos los héroes unidos logran vencerla y acabar con la Guerra de los Panteones Divinos. Los Dioses están tranquilos y la casa está en orden.

En Wonder Woman 61 (enero de 1992), crossover de la Guerra de los Dioses desfasado en el tiempo (los acontecimientos ocurren entre War of the Gods 3 y 4), hay un cameo de Zatanna.