Esta extraña historia en 6 partes que se desarrolla a lo largo del mes de marzo de 2001 comienza en JL? 1 ("El último destello del crepúsculo"), cuando vemos arribar por avión a un raro ejecutivo que trabaja para una enigmática mujer llamada Plura, y que con la ayuda de Hector Hammond, el antiguo enemigo de Green Lantern, logra borrar de la mente de los más grandes superhéroes del mundo todo recuerdo de la Liga de la Justicia de América. Sin embargo, en el subconsciente de cada uno de ellos permanece el concepto de un grupo de héroes que trabajan juntos contra el mal y el recuerdo de la sigla JLA. Saben que hay una Liga de la Justicia, pero la A, ¿qué simboliza?

Así, cada uno empieza a elaborar la idea de reunir a sus amigos o a sus semejantes en una Liga, y el número termina con Wonder Woman reclutando una serie de heroínas (entre las que, por supuesto, está Zatanna), bajo el nombre de Justice League of Amazons.

La segunda parte de la historia es justamente Justice League of Amazons 1 ("Trabajo en la jungla"), donde vemos a las chicas congregadas en el cuartel general de esta Liga (el domo de cristal de la Mujer Maravilla, en Washington D.C.), formada por Wonder Woman, Zatanna, Supergirl, Power Girl, la Cazadora y Big Barda (más tarde se les unirá Orquídea Negra) luchando contra una organización que está depredando la jungla. En este número conocemos también a una Liga loquísima, liderada por Plastic Man y compuesta además por Harley Quinn, Ambush Bug, Mazing Man, Creeper y Trickster, y la historia termina cuando las chicas logran desbaratar a la organización criminal y Aquaman viene a buscar a Power Girl para convocarla a la Justice League of Atlantis.

La tercera parte de la historia, Justice League of Atlantis 1 ("Transformación marina") comienza con la Liga de Atlantis liderada por Aquaman, acompañado por Mera, Tempest, Power Girl, Arion y Lori Lemaris, que se reúnen en el cuartel general que se ubica en el Palacio Real y luchan con raros seres que están instalando aparatos alienígenas en el fondo del mar. Conocemos también en en este número una nueva Liga, la Justice League of Apostles, liderada por Zauriel, a quien acompañan nuevamente Zatanna, Doctor Fate, Phantom Stranger y Deadman, y la historia termina con Batman y Nightwing, que están pensando en convocar a algunos amigos... o enemigos.

La cuarta parte de la historia sigue en Justice League of Arkham 1 ("Apoderándose del asilo"), donde Batman y Nightwing convocan a sus más terribles enemigos (el Joker, Catwoman, Hiedra Venenosa, el Acertijo y el Ventrílocuo) para conformar la más extraña de las Ligas, reunida en el viejo hospicio, y dispuesta a luchar contra el extraño ejecutivo, ya que Batman conoce la existencia de las otras Ligas (cuando se habla de ellas aparece Zatanna en un cameo) y sospecha que este ser tiene conexión con las cosas que están pasando. En el final, llega Flash con su grupo, Justice League of Adventure, formado además por Mister Miracle, Canario Negro y Changelling, que vienen a buscar a Nightwing para que se una a ellos. Dick contesta que no, que él sabe que tiene que haber una Liga, pero que no es ninguna de estas...

En la quinta parte, Justice League of Aliens 1 ("Guardianes de sus hermanos"), Zatanna no aparece, pero vemos a Superman como líder de la Liga Alienígena, donde están el Detective de Marte, Starfire, Lobo, Warrior, Orion y el ex Starman Mikaal, que siguen luchando contra el extraño ejecutivo. Conocemos aquí a la Justice League of Air, formada por Green Lantern, Capitán Atom, Ray, Firestorm, Black Condor, Tornado Rojo y la Doctora Luz, y en el final se presenta por fin Plura, una monstruosa alienígena tipo los "aliens" de la película, que viene a invadir la Tierra.

En la sexta y última parte, Justice League of America 1 ("La primera luz del amanecer"), todas las Ligas se juntan en una y descubren el verdadero significado de la A. Finalmente, logran vencer a los invasores, responsables de las cosas extrañas que venían ocurriendo desde la primera parte, y todo vuelve a la normalidad.