Zatanna comienza sus apariciones en el nuevo milenio en una hermosa aventura imaginaria en dos partes, JLA Created Equal, en la que todos los hombres de la Tierra se mueren, menos Superman...

En el primero de los dos números (JLA Created Equal 1, enero de 2000), que lleva por título "La caída", vemos el antiguo satélite de la Liga de la Justicia girando en torno de la Tierra, con el Hombre y la Mujer Halcón de Thanagar, Superman, Kyle Rainer (es una mezcla de clásica y moderna) y el Detective de Marte, que descubren una extraña nube que rodea nuestro planeta. Minutos después, todos los hombres del mundo, menos Superman, están muertos.

Wonder Woman convoca la formación de una nueva Liga de la Justicia, y entre todas las heroínas que ingresan está Zatanna. Empieza así una nueva etapa para este mundo de mujeres, donde cada una de ellas comienza a ocupar los roles tradicionales de los hombres, hasta que se producen dos acontecimientos decisivos: el primero, Lois Lane está embarazada; el segundo, hay otro hombre sobreviviente: Lex Luthor, que llega del espacio con la noticia de que Superman es el culpable de haber traído el virus que acabó con todos los hombres, y que debe exiliarse de la Tierra.

Este apasionante primer número termina con Superman que se va y Lois que da a luz a su hijo en la Isla Paraíso. Misteriosa e inexplicablemente, después de haber tenido un rol bastante importante en esta primera historia, en el segundo número Zatanna no aparece ni una sola vez.

Sí la vemos nuevamente, y con un papel muy importante, en uno de los cuadernos de la megasaga Pecados de Juventud, en la que todos los héroes de la Tierra se vuelven adolescentes, y todos sus jóvenes discípulos, adultos.

En Batboy y Robin (mayo de 2000), en la historia que lleva por título "La gran magia" vemos a Zatanna en Ciudad Gótica, a punto de dar uno de sus maravillosos shows, cuando recibe una misteriosa visita en su camarín y desaparece sin dejar rastros. La policía investiga, y Batman y Robin (en realidad, Bruce adolescente en el traje de Robin y Tim adulto en el traje de Batman) acuden en su ayuda. La rescatan, resuelven el caso y le piden que, con su magia, los ayude a volver a la normalidad. Pero el hechizo de Witchboy (el causante de todo este lío) es muy poderoso, y Zatanna no puede contrarrestarlo, por lo que el dúo dinámico sigue con sus edades alteradas, cosa que se resolverá recién al final de la saga, que se reimprime completa en un TPB, en octubre de ese mismo año.