En Euskal Herria el icono patriarcal era Aker, el macho cabrío, y la figura matriarcal era Mari, la diosa de la fertilidad. El cristianismo identificó a la diosa Mari con la Virgen María y, sin embargo, al dios Aker lo relacionó con algo tan negativo como el demonio, al tratarse de una deidad a la que se rendía culto representada por un animal. Con el paso del tiempo la postura de la Iglesia se fue endureciendo, a medida que se fortalecía lo suficiente como para luchar abiertamente contra los ya decadentes cultos antiguos.

Este endurecimiento produciría la oleada de represión anti-pagana que en los siglos pasados experimentó Euskal Herria como producto de las investigaciones de distintos ministros de la inquisición francesa y española; como Lancre o Salazar.

Pasados unos cuantos años, uno de los miembros inquisidores, Don Alonso de Salazar y Frías, inició una nueva investigación de los hechos. Recorrió concienzudamente las aldeas vascas recogiendo multitud de testimonios y demostró que muchos de los sucesos narrados durante el proceso inquisitorial habían sido fabulados. A palabras de Pedro Valetín (tratados de 1610) un gran número de las experiencias contadas por las brujas eran solamente producto de la imaginación, debido seguramente al miedo y a las diferentes pócimas a base de plantas alucinógenas que se consumían en los aquelarres.

Cuando se dieron a conocer estas informaciones se comprobó que muchas de estas confesiones se realizaron bajo torturas y terroríficas amenazas.

El humanista Pedro de Valencia  en 1610 aconsejó a la Inquisición que se tomara el asunto con calma y que no creyerá todo lo que se decía. Es decir, todo lo que escribe Pierre de Lancre como ocurrido y cierto, cae como una burda patraña ante las investigaciones experimentales de Alonso de Salazar y Frías.  Afirmó que el tribunal de Logroño de 1610 había actuado coaccionando y sugestionando a los procesados para que se declaran culpables, prometiéndoles la libertad; no tuvo piedad al negar el perdón a moribundos que habían pedido a su confesor renegar del Demonio y, finalmente, por no investigar la jactancia pública que hacían las dos primas, principales descubridoras y denunciadoras de las brujas, de que todo lo que habían dicho era mentira. El 31 de agoato de 1614 la Inquisición dio a luz una instrucción acerca de los asuntos de Brujería en que se recogían todas las ideas de Salazar, el cual se adelantó de modo considerable a otros autores euroepeos que trabajaron, con menos originalidad, en la línea de don Alonso de Salazar y Frías.

La última petición para que actuase la Inquisición la realizó en 1621 Diego de Irraga, señor de Iraeta, repondiéndole el tribunal de Logroño con evasivas  y lamentando con dolor las violencias y vejaciones que llevaban a cabo algunos alcaldes ordinarios. 

En el País Vasco pervive durante más tiempo la brujería de tipo mitológico, frente a la satánica. Esto se deduce porque no todos los lugares en los que se reunen las brujas vascas se llaman akelarre, sino "eperrlanda" o "prado de la perdiz". Son lugares de cita los antiguos altares paganos, como los dólmenes, fuentes y peñas. Muchas brujas tienen a su directora en Mari, la que provoca tempestades, una mujer extraordinariamente hermosa que gusta de atrapar a los hombres y gozar sexualmente de ellos. Vive en cuevas que estan llenas de oro y piedras preciosas.

La inmensa mayoría de los cultos que se practicaban y practican en estas tierras estaban estrechamente relacionados con tradiciones de la teogonía vasca. Los lugareños eran tradicionalmente adoradores del Sol y de las fuerzas de la Naturaleza, representándose en la diosa Mari. De la misma forma se daba culto a Aker, encarnado en un macho cabrío, que representaba la virilidad, la caza, la fecundidad, etc. En los encuentros se tomaban diferentes ungüentos alucinógenos. Estas pócimas alteraban el nivel de conciencia y de realidad. En estos "viajes", con síntomas muy parecidos a los que produce el ácido lisérgico y sus derivados, las experiencias místicas se desataban. Mientras en diferentes zonas de Europa el psicotrópico más conocido y utilizado era la mandrágora, en Euskal Herria el ingrediente que se usaba eran las bayas de endrinas, con efectos muy similares y con la que curiosamente se realiza el famoso y popular pacharán, brebajes que se consumían buscando otra perspectiva de la realidad, un contacto más profundo con la Naturaleza y el ser interior, según apuntan diferentes eruditos en la materia. Todas las investigaciones y estudios antropológicos demostrarán que la Iglesia persiguió a hombres y mujeres de una forma que podríamos catalogar de injusta, atroz e incluso psicópata, por rendir culto y adorar a dioses paganos para el cristianismo de aquellos tiempos.